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一、基本档案：
基本档案管理是所有业务管理的核心，准确及时地更新基本档案信息，才能保证企业高效有序地完成工作。
主要功能：
包括药品类别，药品编号、自编码、药品名称、通用名称、助记码、化学名称、计量规格、计星单位、英文名称、产地、拆零剂量、剂型，保质期（月）、保质期（天）、处方用药分类、有无批号、管理零存、经营范围分类，生产厂家、药品档案、药品配伍禁忌、商品调价、药品查询、供新品申请及审核、药品设置、供应商管理、客户资料、代码管理等。
二、采购管理：
采购管理是为企业采购部门定制的业务模块，协助采购人员开展日常的采购和退货等工作。
主要功能：
采购订单：向供应商订货，做为进货入库单的进货依据；
采购订单终止：强制关闭采购订单。
收货入库：企业实际进货的凭证，影响库存。
退货：处理向供应商退货的单据凭证，影响库存。
订单查询：跟踪订单当前的完成状态。
采购查询：从不同角度对采购业务汇总，包括药品、类别、供应商等。
库存查询：库存汇总与明细查询。
采购类单据查询：用于查询采购管理中的具体单据资料。
供应商综合查询：用于供应商信息及无业务发生、无药品的供应商信息查询、供应商编号删改记录。
供应商销售分析：按时间段查询供应商药品的销售汇总、单日销售、销售明细等统计数据。
总部和分店的采购部门可以独立完成自己的日常工作。对于不属于分部采购的药品，由分店营运部门向总部提出（采购）要货申请，总部根据传输过来的要货信息，汇总后统一采购。
三、 零售管理：
零售管理是为营运管理定制的功能模块，是进行零售和团购业务的后台管理基础。
四、 批发管理：
主要功能为分销商的批发业务管理和团购销售。
五、 会员管理：
主要功能有会员设置、会员档案、会员日管理、卡券管理、积分管理、会员消费查询及分析。
六、 库存管理：
负责商品的库存设置、库存查询、库存盘点、库存调整、库存异常管理、成本价调整等管理。
七、 结算管理：
结算管理是为供应商和客户结算货款而定制的业务模块，为财务部门的日常工作提供结算数据，方便财务部门开展日常工作。
主要功能：
代销帐款：按先进先出对已售未结药品产生应付款，可以选择按批次或按销售结算。
联营帐款：根据销售金额及扣率，对已售未结药品产生应付款。结算时可以区分一天多个价格、多个扣率。
费用：将供应商或客户的进场费、店庆费等费用纳入应付款管理。
供应商结算：用于同供应商结算应付货款及费用等。
客户结算：用于同团购客户结算应收款。
发票管理：登记管理接收发票、开具发票的详细信息
发票查询：分别统计查询采购发票、销售开具的发票的明细信息。
往来帐款：包括到期帐款、应付帐款的汇总和明细、历史往来帐、实付账款。
应收帐款查询：包括到期帐款、应收帐款汇总和明细、历史往来帐等等。
内部费用单：用于处理同机构之间的费用。
内部账款单：用于处理同机构之间调拨时产生的账款。
内部账款查询：到期帐款、应收帐款汇总和明细、历史往来帐款、已收账款明细等。
应收账款：包括到期账款、应收账款（汇总）、应收账款（明细）、历史往来账款。
八、 连锁配送：
配送管理是为连锁企业配送中心定制的模块，方便企业开展日常的配送工作。
主要功能有：
分店设置、数据传输、门店补货、调出调入、配送查询等。
九、 现金管理：
为企业管理资金流向定制的功能模块，以明确资金的收支类别、收支账户、收支方式，方便财务部门对资金流向的管理和控制。
主要功能：
现金帐户：维护现金收支的帐户信息；
现金收入单：记录日常业务中，收入的方式及金额；
现金支出单：记录日常业务中，支出的方式及金额；
现金转账单：各帐户之间，资金流转的记录；
现金流分析：提供各帐户的汇总表及明细表等分析报表。
十、 短信管理：
短信管理功能嵌入在软件中，做到短信相关业务数据共享一体化的管理，极大方便用户将相关业务信息即时发送到供应商、顾客、员工等对象。
主要功能：
短信组管理：管理短信群组信息；
短信成员管理：管理短信群组成员信息；
短信设置：设置短信网关、用户密码等信息；
短信单发：单个短信发送；
短信群发：将短信发送到指定群组；
短信查询：查询短信历史记录，即发送和未发送的短信。
十一、 决策支持：
决策分析提供一系列的分析报表，为决策提供充分数据支持。
主要功能：
药品销售排行：按药品的销售量、销售额、毛利金额、毛利率进行排行对比分析；
客户销售排行：按客户购买药品的数量、金额、毛利金额、毛利率进行排行对比分析；
供应商销售排行：按销量、销售金额、毛利金额、毛利率等进行排行分析；
门店销售排行：按销售总量、销售总金额、总毛利金额、毛利率进行排行对比分析；
药品销售分析：对消费者群体进行按性别与按年龄段的分析统计；
滞销商品查询：查询在最近 x 天内销售低于额定数量的销售视为滞销商品；
药品销售分布：按销售量、销售额分别统计每个药品在各个门店的销售量、销售额；
药品价格及价格带销售分析；
月结：对本周期的业务进行汇总，产生按药品、类别、大类汇总的进销存月报表；
进销存月报表：对本周期业务进行汇总，并按药品中、类别、大类进行统计分析；
毛利分析：对毛利按药品汇总、类别汇总、日毛利汇总三种方式进行统计。
十二、 管理：
主要功能：
GSP管理是在基于国家GSP管理政策的基础上，为满足GSP管理规范的要求，为实现对药品流通环节全过程的管理和监控，而定制的功能模块。
检查验收：包括：首营企业审批表、首营药品审批表、合格供应档案表、药品质量档案表、进口品种一览表、药品购进记录，购进药品到货通知、购进药品请验单、购进药品质量验收记录(一般药品、非药品类、进口药 品、特殊药品、中药材、中药饮片、医疗器械、体外诊断试剂等)、购进药品验收入库通知，以及可见异物检查记录、验收抽样记录、验收抽样批次汇总表、药品拒收报告单、购进药品退回记录等。
存储与养护：包括：库存药品质量养护记录、历史库存药品养护、阵列/库存药品质量检查记录、近效期药品催销表、养护室留样观察记录表、重点养护品种确定表、药品养护档案表、药品养护质量统计表、药品季度质量信息报表、中药/饮片在库养护记录、中药/饮片装斗复核记录、中药品种分装记录、中药饮片分装品种一览表、中药标本目录表、中药标本台账、库外温湿度记录表、库内温湿度记录表、设备与设施、养护设备使用记录、养护设备检修维护记录、强制检定计量器具检定记录卡。
销售与验收：包括：客户资料审查表、直调药品质量验收记录、药品出库复核记录、药品销售记录、销后退回通知单、销后退回请验单、销后退回验收记录、销后退回验收入库通知单、销后退回药品台账、药品销出追回记录表
配送与验收：包括：配送出库复核记录、配送出库记录、配送退回通知单、配送到货请验单、配送退回药品验收记录、配送退回药品入库通知单、配送退回药品台账。
零售管理：处方药销售记录。
售后管理：包括：顾客投诉记录卡、质量事故报告记录表、药品质量处理通知单、药品质量投诉记录表、用户接待记录、药品质量信息反馈单、药品质量查询登记表、药品质量、质量管理征询意见书、药品不良反应报告表、药品事故报告表、售后药品质量问题跟踪表、批发药品服务满意度征询表。
不合格管理：药品停售、药品解除停售、不合格药品、不合格药品报损审批表、不合格药品销毁记录。
人员与培训：员工健康档案、培训计划、员工培训、质量培训计划
管理职责：包括：企业质量方针目标检查表、部门质量方针目标检查表、质量方针目标横向考核信息反馈表、药品批发企业质量制度执行情况自查表、质量管理制度执行情况考核一览表、质量管理制度执行情况检查考核记录表、岗位质量职责考核表、GSP实施情况自查评审表、改进、纠正或预防措施实施情况一览表、问题改进和措施跟踪记录表、管理评审计划、管理评审报告、内部质量管理体系审核报告、质量策划实施情况检查表、不符合报告。